MirGeneDB ID | Aca-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2a Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Gmo-Mir-194-P2a Gmo-Mir-194-P2b Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2a Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tni-Mir-194-P2a Tni-Mir-194-P2b Xla-Mir-194-P2c Xla-Mir-194-P2d Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343545.1: 154421-154479 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-2188
GL343545.1: 105074-105134 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P2 GL343545.1: 154421-154479 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGCCACCGAUGUGUAUGGUUCCCAUCGGCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGCAGUCCGGCCGUUCCAGUGGAGCGGCUGUUAUAGUCGGUGGGGGCUGCAAAAGACCCCGGGAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGCCACCGAUGUGUAU--| AA G GCAGU GGUUCCCAUCGGCUGUAACAGC CUCCAU UGGAA C UCGGGGGUGGCUGAUAUUGUCG GAGGUG ACCUU C UAGAGGGCCCCAGAAAACG^ GC - GCCGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-194-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-194-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCAGUGGAGCGGCUGUUAUAGU -59
Get sequence
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