MirGeneDB ID | Eca-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cja-Mir-194-P2 Cli-Mir-194-P2 Cmi-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gga-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Laf-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmr-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pab-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tgu-Mir-194-P2 Xla-Mir-194-P2a Xla-Mir-194-P2b Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009177.1: 10716110-10716167 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-192-P2
CM009177.1: 10715817-10715876 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P2 CM009177.1: 10716110-10716167 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUCUGAUAUGCUUAAUGGGGUCAUCAAGUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUGGGUACCAAUUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUGGUUACCAACUCACUACAAUAUAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUUCUGAUAUGCUUAA- -|GU U A G CUGGGU UGG G CAUCAAG GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ ACC U GUAGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU A GAAAUAUAACAUCACUCA A^UG U A - UUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-194-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013050 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-194-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -58
Get sequence
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