| MirGeneDB ID | Cli-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cja-Mir-194-P2 Cmi-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Eca-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gga-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Laf-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmr-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pab-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tgu-Mir-194-P2 Xla-Mir-194-P2a Xla-Mir-194-P2b Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold54: 1524720-1524775 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-192-P2
scaffold54: 1524407-1524465 [-]
Mir-194-P2 scaffold54: 1524720-1524775 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACUCGAGACUGACCAUGGGCGCUCUCAGAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUACACUGACUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUAGCCUCUCAAAAACUCCGGAGCAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CACUCGAGACUGACCAU---| C C U A G CUACA GGG GCU UCAGA GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ CUC CGA AGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU C UCGACGAGGCCUCAAAAACU^ - U U A - UCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-194-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAC -23
Get sequence
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| Star sequence | Cli-Mir-194-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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