MirGeneDB ID | Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P4 Ami-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Dre-Mir-194-P4a Dre-Mir-194-P4b Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Gmo-Mir-194-P4a Gmo-Mir-194-P4b Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mal-Mir-194-P4a Mal-Mir-194-P4b Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Sha-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Tni-Mir-194-P4a Tni-Mir-194-P4b Xla-Mir-194-P4c Xla-Mir-194-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 38492078-38492136 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P4) |
Mir-194-P4
chr4: 38492078-38492136 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4 chr4: 38493655-38493715 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCCCAUGGAGAUACUGAUGCUCAUAACCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGUAGAUAUAAUAUUCCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUGUAAUGUGUAUCUAUAAUUCUUUAAGUGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACCCCAUGGAGAUACU--| U A CU A G GUAGA GAUGC CAU AC GUAACAGCA CUCCAU UGGAA U CUAUG GUA UG UAUUGUCGU GAGGUG GCCUU A AAGGUGAAUUUCUUAAUAU^ U A UC A - AUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Mir-194-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-194 |
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Star sequence | Xtr-Mir-194-P4_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUG -59
Get sequence
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