| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-192-P4 Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Dre-Mir-192-P4b Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Gmo-Mir-192-P4b Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mal-Mir-192-P4b Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Tni-Mir-192-P4b-v1 Tni-Mir-192-P4b-v2 Xla-Mir-192-P4c Xla-Mir-192-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 38493655-38493715 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4) |
Mir-194-P4
chr4: 38492078-38492136 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4 chr4: 38493655-38493715 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACAGAGAGAUAAAGAGAGUGUACGGGCCUAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUGGAUGUGAAGUCUGCCUGUCAAUUCUGUAGGCCACAGGUUCGUCCACCUUGUUGCGAUAACAAAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACAGAGAGAUAAAGAGA-- U A A -| C GUGGAU GUG ACGGGCCU UG CCUAU GAAUUGACAG CA G CAC UGCUUGGA AC GGAUG CUUAACUGUC GU U GAGAAACAAUAGCGUUGUUC C C C U^ C CUGAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-192-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGCCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-192 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-192-P4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCUGUCAAUUCUGUAGGCCACAG -61
Get sequence
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