| MirGeneDB ID | Ami-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Dre-Mir-192-P4b Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Gmo-Mir-192-P4b Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mal-Mir-192-P4b Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Tni-Mir-192-P4b-v1 Tni-Mir-192-P4b-v2 Xla-Mir-192-P4c Xla-Mir-192-P4d Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714301.1: 23381-23442 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4) |
Mir-192-P4
NW_017714301.1: 23381-23442 [-]
UCSC
Mir-194-P4 NW_017714301.1: 24491-24548 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGCCCCCCAGAUUGCGUGCAUGGGGCUAUGACCUAUGGAUUGACAGCCAGUAUCGGAGCCUCGCCCUGGCUGUCUGUUCUAUAGGGCAUAGGACUGGGCGCACCCGUGGCGGGGGGCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAGCCCCCCAGAUUGC-- AU GG A UU-| UAUCGGA GUGC GG CUAUG CCUAUGGA GACAGCCAG \ CGCG UC GAUAC GGAUAUCU CUGUCGGUC G GGACGGGGGGCGGUGCCCA GG AG G UGU^ CCGCUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Drosha cut is +1 relative to most other vertebrates examined. There is also a second Dicer cut read -3 on the 3p arm but without corresponding 5p reads. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-192-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACCUAUGGAUUGACAGCCAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-192-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUGUCUGUUCUAUAGGGCAUA -62
Get sequence
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