MirGeneDB ID | Cfa-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-148a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-148-P3 Cfa-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-148-P1 Bta-Mir-148-P1 Cja-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1-as Cmi-Mir-148-P1 Cpi-Mir-148-P1 Cpo-Mir-148-P1 Dno-Mir-148-P1 Ebu-Mir-148 Eca-Mir-148-P1 Ete-Mir-148-P1 Gga-Mir-148-P1 Gja-Mir-148-P1 Hsa-Mir-148-P1 Laf-Mir-148-P1 Lch-Mir-148-P1 Loc-Mir-148-P1 Mdo-Mir-148-P1 Mml-Mir-148-P1 Mmr-Mir-148-P1 Mmu-Mir-148-P1 Mun-Mir-148-P1 Oan-Mir-148-P1 Ocu-Mir-148-P1 Pab-Mir-148-P1 Pbv-Mir-148-P1 Pma-Mir-148-o1 Rno-Mir-148-P1 Spt-Mir-148-P1 Sto-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1-as Xla-Mir-148-P1a Xla-Mir-148-P1b Xtr-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr14: 39301847-39301906 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAAGACAGCCUGUCUGGUCUUUUGAGGCAAAGUUCUGAGACACUCCGACUCUGAAUAUGAUAGAAGUCAGUGCACUACAGAACUUUGUCUCUGGAGACUGUGGUCACCGCCACCAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGAAGACAGCCUGUCU-- UU - A-| CC CUGAAU GGUCUU GAGGCAAAGUUCUG AG CACU GACU A UCAGAG CUCUGUUUCAAGAC UC GUGA CUGA U GCUACCACCGCCACUGGUG GU A AC^ -- AGAUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-148-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGUUCUGAGACACUCCGACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-148-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006622 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAGUGCACUACAGAACUUUGU -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-148a miRDB: MIMAT0006622 |