MirGeneDB ID | Cfa-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-148b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-148-P1 Cfa-Mir-148-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-148-P4 Ami-Mir-148-P4 Bta-Mir-148-P4 Cja-Mir-148-P4 Cli-Mir-148-P4 Cmi-Mir-148-P4 Cpi-Mir-148-P4 Cpo-Mir-148-P4 Dno-Mir-148-P4 Ebu-Mir-148 Eca-Mir-148-P4 Ete-Mir-148-P4 Gga-Mir-148-P4 Gja-Mir-148-P4 Hsa-Mir-148-P4 Laf-Mir-148-P4 Lch-Mir-148-P4 Loc-Mir-148-P4 Mml-Mir-148-P4 Mmr-Mir-148-P4 Mmu-Mir-148-P4 Mun-Mir-148-P4 Neu-Mir-148-P4 Ocu-Mir-148-P4 Pab-Mir-148-P4 Pbv-Mir-148-P4 Rno-Mir-148-P4 Sha-Mir-148-P4 Spt-Mir-148-P4 Tgu-Mir-148-P4 Xla-Mir-148-P4a Xla-Mir-148-P4b Xtr-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr27: 975146-975206 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUUCCCAGGCACAAUUAGCAUUUGAGGUGAAGUUCUGUUAUACACUCAGGCUGUGGCUCUCUGAAAGUCAGUGCAUCACAGAACUUUGUCUCGAAAGCUUUCUAGCAGCUACACAUUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUUCCCAGGCACAAUU--| A UG U A CA GUGGCU AGC UUUGAGG AAGUUCUGU AU CACU GGCU \ UCG AAGCUCU UUCAAGACA UA GUGA CUGA C GGUUACACAUCGACGAUCUU^ A GU C C -- AAGUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-148-P4_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAGUUCUGUUAUACACUCAGGCU -24
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-148-P4_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCAGUGCAUCACAGAACUUUGU -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-148b miRDB: MIMAT0006663 |