MirGeneDB ID | Laf-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Laf-Mir-148-P3 Laf-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-148-P1 Bta-Mir-148-P1 Cfa-Mir-148-P1 Cja-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1-as Cmi-Mir-148-P1 Cpi-Mir-148-P1 Cpo-Mir-148-P1 Dno-Mir-148-P1 Ebu-Mir-148 Eca-Mir-148-P1 Ete-Mir-148-P1 Gga-Mir-148-P1 Gja-Mir-148-P1 Hsa-Mir-148-P1 Lch-Mir-148-P1 Loc-Mir-148-P1 Mdo-Mir-148-P1 Mml-Mir-148-P1 Mmr-Mir-148-P1 Mmu-Mir-148-P1 Mun-Mir-148-P1 Oan-Mir-148-P1 Ocu-Mir-148-P1 Pab-Mir-148-P1 Pbv-Mir-148-P1 Pma-Mir-148-o1 Rno-Mir-148-P1 Spt-Mir-148-P1 Sto-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1 Tgu-Mir-148-P1-as Xla-Mir-148-P1a Xla-Mir-148-P1b Xtr-Mir-148-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010032.1: 32557691-32557750 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAAGACAGCCUAUUUGGUCUUUUGAGGCAAAGUUCUGAGACACUCCGACUCUGAGUAUGAUAGAAGUCAGUGCACUACAGAACUUUGUCUCUAGAGGCUGUGGUCACCGCCACCGCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGAAGACAGCCUAUUU-- U - A-| CC CUGAGU GGUCUUU GAGGCAAAGUUCUG AG CACU GACU A UCGGAGA CUCUGUUUCAAGAC UC GUGA CUGA U AGCGCCACCGCCACUGGUG U A AC^ -- AGAUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Laf-Mir-148-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGUUCUGAGACACUCCGACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Laf-Mir-148-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAGUGCACUACAGAACUUUGU -60
Get sequence
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