MirGeneDB ID | Cja-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-30-P1a Cja-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P2a Cja-Mir-30-P2b Cja-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1b Bta-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1b Cli-Mir-30-P1b Cmi-Mir-30-P1b Cpi-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1b Dno-Mir-30-P1b Dre-Mir-30-P1b Eca-Mir-30-P1b Ete-Mir-30-P1b Gga-Mir-30-P1b Gja-Mir-30-P1b Gmo-Mir-30-P1b Hsa-Mir-30-P1b Laf-Mir-30-P1b Lch-Mir-30-P1b Loc-Mir-30-P1b Mal-Mir-30-P1b Mdo-Mir-30-P1b Mml-Mir-30-P1b Mmr-Mir-30-P1b Mmu-Mir-30-P1b Mun-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1b Ocu-Mir-30-P1b Pab-Mir-30-P1b Pbv-Mir-30-P1b Rno-Mir-30-P1b Sha-Mir-30-P1b Spt-Mir-30-P1b Tgu-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P1b Xla-Mir-30-P1b1 Xla-Mir-30-P1b2 Xtr-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021918.1: 72593837-72593899 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAGGUAUAUUGCUGUUGACAGUGAGCAACUGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCUGUGAAGCCAUAGAUGGGCUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGCUGCCUACUGCCUUGGACUUCAGGGACUACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGGUAUAUUGCUGUUGA--| A A UC GUGAAGC CAGUG GCA CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU \ GUCAU CGU GACGUUUGUAGG CUGACUUUCGG C UCAUCAGGGACUUCAGGUUCC^ C C -- GUAGAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-30-P1b_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-30-P1b_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC -63
Get sequence
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