MirGeneDB ID | Gmo-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-30e-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2b Gmo-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P1b Ami-Mir-30-P1b Bta-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1b Cja-Mir-30-P1b Cli-Mir-30-P1b Cmi-Mir-30-P1b Cpi-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1b Dno-Mir-30-P1b Dre-Mir-30-P1b Eca-Mir-30-P1b Ete-Mir-30-P1b Gga-Mir-30-P1b Gja-Mir-30-P1b Hsa-Mir-30-P1b Laf-Mir-30-P1b Lch-Mir-30-P1b Loc-Mir-30-P1b Mal-Mir-30-P1b Mdo-Mir-30-P1b Mml-Mir-30-P1b Mmr-Mir-30-P1b Mmu-Mir-30-P1b Mun-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1b Ocu-Mir-30-P1b Pab-Mir-30-P1b Pbv-Mir-30-P1b Rno-Mir-30-P1b Sha-Mir-30-P1b Spt-Mir-30-P1b Tgu-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P1b Xla-Mir-30-P1b1 Xla-Mir-30-P1b2 Xtr-Mir-30-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_109: 2960-3022 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1b) |
Mir-30-P2b
GeneScaffold_109: 1149-1210 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1b GeneScaffold_109: 2960-3022 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGCUCAGGUCUUUUGGCAGUCGGGGCUACUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUAGUGCUUUGUCCUGGAGCUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGCAGCCAACUGCUAUAGUCCCAUGAUUAGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCUCAGGUCUUUUGG----| CGG A UU AGUGCUU CAGU GGCU CUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU \ GUCA CCGA GACGUUUGUAGG CUGACUUUCGA U CGAGAUUAGUACCCUGAUAUC^ A-- C -- GGUCCUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-30-P1b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-30-P1b_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC -63
Get sequence
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