| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-30c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1b Gmo-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P2b Gmo-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cja-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Eca-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Laf-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmr-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Neu-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pab-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1709: 6950-7013 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
GeneScaffold_1709: 6950-7013 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a GeneScaffold_1709: 7206-7265 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGGACCCGGGGGUUCAGACCUCAGUUUAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUAGCCACGUUGACCACAGGCUGAGAGAAGGCUGUUUACUUUAACUGUCUGAAGCGUGCACCCCAUGAAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGACCCGGGGGUUC-----| CUC UAU U ACA GUAGCCAC AGAC AGUU GUAAACA CCU CUCAGCU G UCUG UCAA CAUUUGU GGA GAGUCGG U UAAAAGUACCCCACGUGCGAAG^ --- UUU C AGA ACACCAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-30-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-30-P2a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUGAGAGAAGGCUGUUUACUUU -64
Get sequence
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