MirGeneDB ID | Aca-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-30b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-30-P1a Aca-Mir-30-P1b Aca-Mir-30-P1d Aca-Mir-30-P2b Aca-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
4: 1747987-1748046 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
4: 1747987-1748046 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a 4: 1751122-1751178 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAGUAUUGUUACUACUGAUUUUUAGUUCAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUAUCACAUGAAAUGGCUGGGAGAUGAAUGUUUACUUCAACUGAUUUGGACAGGCGGCCUUCCAGAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAGUAUUGUUACUACUGAUUU--| CAU CCUACA GUAUCA UUAGUU GUAAACAU CUCAGCU C AGUCAA CAUUUGUA GGGUCGG A UAAGACCUUCCGGCGGACAGGUUU^ CUU AGUAGA UAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-30-P2a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-30-P2a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUGGGAGAUGAAUGUUUACUUC -60
Get sequence
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