MirGeneDB ID | Cpo-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2a Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Gmo-Mir-194-P2a Gmo-Mir-194-P2b Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2a Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tni-Mir-194-P2a Tni-Mir-194-P2b Xla-Mir-194-P2c Xla-Mir-194-P2d Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_42: 5717423-5717480 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2) |
Mir-192-P2
scaffold_42: 5717225-5717289 [-]
UCSC
Mir-194-P2 scaffold_42: 5717423-5717480 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGGCCCAACCUUGAGGGGCUCCCUCCCCCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGUGCCCACUGGUUCCAGUGGGGCUGCUGUUAUCUGGGGCGGGGGCCCGGAUCCACAGCCAAGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGGCCCAACCUUGAGG--| U CU A G GUGCC GGCUCCC CCCC GUAACAGCA CUCCAU UGGAA \ CCGGGGG GGGG UAUUGUCGU GGGGUG ACCUU C GAGGAACCGACACCUAGGC^ C UC C - GGUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-194-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-194-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCAGUGGGGCUGCUGUUAUCUG -58
Get sequence
|