MirGeneDB ID | Nag-Mir-242-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Thorny-headed worm 1 (Neoechinorhynchus agilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Nag-Mir-242-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Lan-Mir-242 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N.agilis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (N_agilis_genome_min1000_bacfree) |
k149_10908: 19517-19574 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAACGGCGCCGCGAACUACAAGUGGGGCGGUUGCGUAGGCUUACCAAACUUAUCGAUAAAGGCGAAAGUUUAGCAAUCCUAGGCAACUUCUUACACUCGUAGAUGAUCUUAUUUAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAACGGCGCCGCGAACU- A -| C G CUUACC AUCGAU AC AGUG GGG GGUUGC UAGG AAACUU A UG UCAC UUC UCAACG AUCC UUUGAA A GGAAUUUAUUCUAGUAGA C A^ U G UAACGA AGCGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Nag-Mir-242-P7_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGCGUAGGCUUACCAAACUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Nag-Mir-242-P7_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUUUAGCAAUCCUAGGCAACU -58
Get sequence
|