| MirGeneDB ID | Pca-Mir-242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-242 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCGUAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Penis worm (Priapulus caudatus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-242 Ava-Mir-242-P9 Ava-Mir-242-P10 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Hru-Mir-242-P3a Hru-Mir-242-P3b Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Nag-Mir-242-P7 Nag-Mir-242-P8 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pdu-Mir-242-P4a Pdu-Mir-242-P4b Pdu-Mir-242-P4c Pdu-Mir-242-P4d Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Pve-Mir-242-P5 Pve-Mir-242-P6 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Priapulus_caudatus_gca000485595v2) |
AXZU02061064.1: 392-448 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUCGCCGACGACUUCAGUGCACCAGUACAUUGCGUAGACAUUAUGCAUGGUCGGCACCGCACACCUCGCAUUCUGUCUACGCAACAUGCGGGCACGAGCGCCAUCUGUGGGCAACAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGUCGCCGACGACUUCA----| A A CA UU AU CGGCA GUGC CC GUA UUGCGUAGACA AUGC GGU \ CACG GG CGU AACGCAUCUGU UACG CCA C ACAACGGGUGUCUACCGCGAG^ - - AC CU CU CACGC 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pca-Mir-242_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGCGUAGACAUUAUGCAUGGU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pca-Mir-242_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUCGCAUUCUGUCUACGCAACA -57
Get sequence
|
