MirGeneDB ID | Pfl-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bfl-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cgi-Mir-242 Cte-Mir-242 Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Npo-Mir-242 Pmi-Mir-242 Sko-Mir-242 Spu-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD346879.1: 366091-366150 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUCACGUGACAUGUCUCACUUCAAUGUGUUGCGUAGGCGUUGUGCACAGUGAUGUGUGGCCCGGUUCCUGUGCAUCUCUCCCACGCAUAUCGUUGGAGUGAAUUUUCAUCGGGGAAGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGUCACGUGACAUGUCU--| UGU A CGUU UGAUGUGU CACUUCAAUG UGCGU GG GUGCACAG G GUGAGGUUGC ACGCA CC UACGUGUC G AAGAAGGGGCUACUUUUAA^ UAU C UCUC CUUGGCCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pfl-Mir-242_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCGUAGGCGUUGUGCACAGU -21
Get sequence
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Star sequence | Pfl-Mir-242_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUGUGCAUCUCUCCCACGCAUA -60
Get sequence
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