MirGeneDB ID | Cel-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Ava-Mir-242-P9 Ava-Mir-242-P10 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Hru-Mir-242-P3a Hru-Mir-242-P3b Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Nag-Mir-242-P7 Nag-Mir-242-P8 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pdu-Mir-242-P4a Pdu-Mir-242-P4b Pdu-Mir-242-P4c Pdu-Mir-242-P4d Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Pve-Mir-242-P5 Pve-Mir-242-P6 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 4274262-4274320 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAUAGUUCCCUCGUGGCUCGCGAGAGUAUUGCGUAGGCCUUUGCUUCGAGAGAGAAGCUUCAGUUCGCAGCAAUAUCCUCCGCAAAACUUUCCCCGGCUAUGCAAAAAAUGGUAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAAUAGUUCCCUCGUG--| CGC A U CCU U GAGAGAA GCU GAGAGU UUGCG AGG UUGCU CGA \ CGG CUUUCA AACGC UCC AACGA GCU G AGAAUGGUAAAAAACGUAU^ CCC A C UAU C UGACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-242_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGCGUAGGCCUUUGCUUCGA -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000298 TargetScanWorm: cel-miR-242 |
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Star sequence | Cel-Mir-242_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GCAGCAAUAUCCUCCGCAAAA -59
Get sequence
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