MirGeneDB ID | Lgi-Mir-242-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGUAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-242b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-242-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Lan-Mir-242 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. gigantea | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_16: 1142985-1143041 [-] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-242-P1) |
Mir-242-P2
LOTGIsca_16: 1142666-1142720 [-]
Ensembl
Mir-242-P1 LOTGIsca_16: 1142985-1143041 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUACUUGAGCAACAGAAAAAUUGAAAUAUUGCGUAGGCAUUGUGCACAGUUGGUCAAUCUCGCUGUGCAUUCUACCUAUACAGUGUUUCGGGCUAUUUGACUUACAUUUGUAUGGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUUACUUGAGCAACAGAAAAA--| CG CAUU UGGUC UUGAAAUAUUG UAGG GUGCACAGU \ GGCUUUGUGAC AUCC UACGUGUCG A GGUAUGUUUACAUUCAGUUUAUCG^ AU AUCU CUCUA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Lgi-Mir-242-P1_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0009681 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGCGUAGGCAUUGUGCACAGU -22
Get sequence
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Star sequence | Lgi-Mir-242-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUGCAUUCUACCUAUACAGUG -57
Get sequence
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