MirGeneDB ID | Rph-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Ava-Mir-242-P9 Ava-Mir-242-P10 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Hru-Mir-242-P3a Hru-Mir-242-P3b Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Nag-Mir-242-P7 Nag-Mir-242-P8 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pdu-Mir-242-P4a Pdu-Mir-242-P4b Pdu-Mir-242-P4c Pdu-Mir-242-P4d Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Pve-Mir-242-P5 Pve-Mir-242-P6 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018527.1: 22888371-22888428 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUCUACAAGAAUUCCUUAUCUACGGUGAUGCGUAGGCGUUGUGCACAGAUUUUAUAGUCUGACUGUGUAUUUCGUCUAAGCACCACUGAGAUGGGACACCAGCAGACGACAUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUUUCUACAAGAAUUC---| A A G UU AUUUUA CUUAUCU CGGUG UGC UAGGCG GUGCACAG U GGGUAGA GUCAC ACG AUCUGC UAUGUGUC A UUUUACAGCAGACGACCACA^ - C A UU AGUCUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rph-Mir-242_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGCGUAGGCGUUGUGCACAGA -22
Get sequence
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Star sequence | Rph-Mir-242_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGUGUAUUUCGUCUAAGCACCA -58
Get sequence
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