| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-242-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-242 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCGUAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-242a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-242-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-242 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Lan-Mir-242 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. gigantea | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_16: 1142666-1142720 [-] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-242-P2) |
Mir-242-P2
LOTGIsca_16: 1142666-1142720 [-]
Ensembl
Mir-242-P1 LOTGIsca_16: 1142985-1143041 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAAUCUGCUACAUGACAGGAAUAAGGUUUUUGCGUAGGCGUUGUGCACAGUUAAAUAGAUAUUGUGUAUUCCCCCUAAGCAUCAAAUUUUAUUACUAGAACAACUUAAUGGCACGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACAAUCUGCUACAUGAC- G U-| G CGUU UAAA AG AAUAAGGUUU UGC UAGG GUGCACAGU \ UC UUAUUUUAAA ACG AUCC UAUGUGUUA U CACGGUAAUUCAACAAGA A CU^ A CCCU UAGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-242-P2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009590 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGCGUAGGCGUUGUGCACAGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-242-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UGUGUAUUCCCCCUAAGCAUCA -55
Get sequence
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