MirGeneDB ID | Pau-Mir-242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCGUAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Ava-Mir-242-P9 Ava-Mir-242-P10 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Hru-Mir-242-P3a Hru-Mir-242-P3b Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Nag-Mir-242-P7 Nag-Mir-242-P8 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pca-Mir-242 Pdu-Mir-242-P4a Pdu-Mir-242-P4b Pdu-Mir-242-P4c Pdu-Mir-242-P4d Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Pve-Mir-242-P5 Pve-Mir-242-P6 Rph-Mir-242 Sko-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000005.1: 1372726-1372781 [+] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGUAAUGAGGCCAAGCAAAACUCAAAUUUUGCGUAGACGUUGUGCACAGACUAUUUUAACUCUGUGUUUUUCGUCUAUUCAGCCUUUGGGUUGAUAAAAACUGCAAUUCCGAUUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACGUAAUGAGGCCAAGCAA--| UU C UUGU CUAU AACUCAAA UUG GUAGACG GCACAGA U UUGGGUUU GAC UAUCUGC UGUGUCU U UUAGCCUUAACGUCAAAAAUAG^ CC U UUUU CAAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pau-Mir-242_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGCGUAGACGUUGUGCACAGA -22
Get sequence
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Star sequence | Pau-Mir-242_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UGUGUUUUUCGUCUAUUCAGCC -56
Get sequence
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