MirGeneDB ID | Sko-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sko-mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-242 Ava-Mir-242-P9 Ava-Mir-242-P10 Bfl-Mir-242 Bko-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cte-Mir-242 Eba-Mir-242 Hru-Mir-242-P3a Hru-Mir-242-P3b Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Lhy-Mir-242 Mgi-Mir-242 Mom-Mir-242 Nag-Mir-242-P7 Nag-Mir-242-P8 Npo-Mir-242 Ofu-Mir-242 Pau-Mir-242 Pca-Mir-242 Pdu-Mir-242-P4a Pdu-Mir-242-P4b Pdu-Mir-242-P4c Pdu-Mir-242-P4d Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Pve-Mir-242-P5 Pve-Mir-242-P6 Rph-Mir-242 Snu-Mir-242 Spu-Mir-242 War-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Skow_1.1) |
NW_003141865.1: 15153-15212 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGUCUCACUCGAACCUCACUCUAAUGUGUUGCGUAGGCGUUGUGCACAGUGACGUAUUACAUAAUUCCUGUGCAUUUCUCCCACGCAUAGCGUUGAAGUGAAAUGUCAUCAUCAUGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGUCUCACUCGAACCU--| C GU A CGUU U ACGUAUU CACU UAAUGU UGCGU GG GUGCACAG G \ GUGA GUUGCG ACGCA CC UACGUGUC C A GAGGUACUACUACUGUAAA^ A AU C UCUU - UUAAUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sko-Mir-242_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCGUAGGCGUUGUGCACAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Sko-Mir-242_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUGUGCAUUUCUCCCACGCAUA -60
Get sequence
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