| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-302d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P3 Ocu-Mir-430-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmr-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr15: 36770114-36770174 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-430-P1
chr15: 36769637-36769702 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 chr15: 36769775-36769834 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 chr15: 36769951-36770011 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 chr15: 36770114-36770174 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a chr15: 36770238-36770297 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUUAAAGUCUGCUAAGGUGCCCUCUCUACUUUAACAUGGAGGCACUUGCUGUGCCAUGAUAAAAAUAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGUGGUGGUUCCUACUAGCUUCAACUGUUAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAUUUUAAAGUCUGCUA---| U CU C U CUGUGCCA AGG GCC CU UACUU AACAUGGAGGCACUUG \ UCC UGG GG GUGAG UUGUACCUUCGUGAAU U CUAAUUGUCAACUUCGAUCA^ U U- U U AAAAAUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0036322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUGGAGGCACUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-430-P4_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0036323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU -61
Get sequence
|
