| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-302d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P3 Cfa-Mir-430-P5d1 Cfa-Mir-430-P5d2 Cfa-Mir-430-P7d1 Cfa-Mir-430-P7d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr32: 32429036-32429096 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-92-P2a
chr32: 32428908-32428967 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 chr32: 32429036-32429096 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 chr32: 32429212-32429272 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 chr32: 32429369-32429428 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 chr32: 32429504-32429565 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUUUUGAGUCUAUAAGGAACGCCCUCUACUUUAACAUGGAGGCACUUGCUGUGACAUGAUAAAAAUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGUGGUGGUUCCUUUUUAAUCCUCAGUCAUCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUUUUUGAGUCUAUA---| GC UC UU CUGUGACA AGGAAC CC UACU AACAUGGAGGCACUUG \ UCCUUG GG GUGA UUGUACCUUCGUGAAU U UCCUACUGACUCCUAAUUUU^ GU U- UU AAAAAUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUGGAGGCACUUGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-302d miRDB: MIMAT0009858 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-430-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGU -61
Get sequence
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