MirGeneDB ID | Cpo-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-302d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-430-o28 Cpo-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_43: 11471856-11471915 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-92-P2a
scaffold_43: 11471746-11471805 [-]
UCSC
Mir-430-P4 scaffold_43: 11471856-11471915 [-] UCSC Mir-430-P3 scaffold_43: 11471975-11472035 [-] UCSC Mir-430-P2 scaffold_43: 11472099-11472157 [-] UCSC Mir-430-P1 scaffold_43: 11472221-11472282 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCGGCCGGGGCGCACUUCCGGGCCCCCCCACUCCGACAUGGGGCACUUGCUGCGGCGUGACUCAAAUAAGUGCUUCCAUGUUUGAGCGCGGUGGCCCCGGCGGCUUCGGAGGGGACCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCGGCCGGGGCGCACUU- C - CCA C -| CUGCGGCG CCGGG CC CC CUC GACAUGG GGCACUUG \ GGCCC GG GG GAG UUGUACC UCGUGAAU U CACCAGGGGAGGCUUCGGC C U CGC U U^ AAACUCAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCCGACAUGGGGCACUUGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-430-P4_3p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGCGC -60
Get sequence
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