| MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-o8a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-428b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p1 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5r Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-o9 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-430-P8 Dno-Mir-430-P8 Ete-Mir-430-P8 Hsa-Mir-430-P8a Mml-Mir-430-P8 Pab-Mir-430-P8 Xtr-Mir-430-o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 764746-764803 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o8a) |
Mir-430-o7a
NC_030738.1: 764304-764364 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o8a NC_030738.1: 764746-764803 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCCCACCAGCACCUCUCCGGGCUCACAGCAGCCAAACAGAAGCUCAUUCUUGUUGUCUCUAUGAGAAAGUGCUUCUCGUUCGGCUGAUUUGGCCACCGGGAUAUCAUCAGAACUCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUCCCACCAGCACCUCU- --| U CAG A - UCA UGUUGU CCG GGC CA CAGCC AAC AGAAGC UUCU \ GGC CCG GU GUCGG UUG UCUUCG AAGA C UCCUCAAGACUACUAUAG CA^ - UUA C C UGA GUAUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-430-o8a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCCAAACAGAAGCUCAUUCU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-430-o8a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAAGUGCUUCUCGUUCGGCUGA -58
Get sequence
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