| MirGeneDB ID | Dno-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-24b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P3 Ami-Mir-24-P3 Bta-Mir-24-P3 Cfa-Mir-24-P3 Cmi-Mir-24-P3 Cpi-Mir-24-P3 Cpo-Mir-24-P3 Dre-Mir-24-P3 Ete-Mir-24-P3 Gga-Mir-24-P3 Gja-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P3 Hsa-Mir-24-P3 Lch-Mir-24-P3 Loc-Mir-24-P3 Mdo-Mir-24-P3 Mml-Mir-24-P3 Mmu-Mir-24-P3 Mun-Mir-24-P3a Mun-Mir-24-P3b Oan-Mir-24-P3 Ocu-Mir-24-P3 Pbv-Mir-24-P3 Rno-Mir-24-P3 Sha-Mir-24-P3 Sto-Mir-24-P3 Tgu-Mir-24-P3 Tni-Mir-24-P3 Xla-Mir-24-P3c Xla-Mir-24-P3d Xtr-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
AAGV03195862: 467-526 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P3) |
Mir-23-P3
AAGV03195862: 168-226 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 AAGV03195862: 315-376 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 AAGV03195862: 467-526 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGCCCGGGCUCCCCCGGGCUCUGCCUCCCGUGCCUACUGAGCUGAAACACAGUUGGUUUGCGCAGACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACGGGAGUCCAGCCUCCUCGGGGCCCGCGGCCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCCCGGGCUCCCCCG---| CUGC G A AACA UGGUU GGCU CUCCCGU CCU CUGAGCUGA CAGU U CCGA GAGGGCA GGA GACUUGACU GUCA G UCCCGGCGCCCGGGGCUCCU^ CCU- A C CG-- GACGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although not well supported by deep read data all taxa sequenced in this study show the same read pattern and better and more deeply sequenced vertebrate taxa are all clearly Group 2 miRNAs suggesting that this too is likely a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-24-P3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAAACACAGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-24-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACGG -60
Get sequence
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