| MirGeneDB ID | Tni-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-24-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-24-P1 Tni-Mir-24-P2b Tni-Mir-24-P4a Tni-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P3 Ami-Mir-24-P3 Bta-Mir-24-P3 Cfa-Mir-24-P3 Cja-Mir-24-P3 Cmi-Mir-24-P3 Cpi-Mir-24-P3 Cpo-Mir-24-P3 Dno-Mir-24-P3 Dre-Mir-24-P3 Eca-Mir-24-P3 Ete-Mir-24-P3 Gga-Mir-24-P3 Gja-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P3 Hsa-Mir-24-P3 Laf-Mir-24-P3 Lch-Mir-24-P3 Loc-Mir-24-P3 Mdo-Mir-24-P3 Mml-Mir-24-P3 Mmr-Mir-24-P3 Mmu-Mir-24-P3 Mun-Mir-24-P3a Mun-Mir-24-P3b Neu-Mir-24-P3 Oan-Mir-24-P3 Ocu-Mir-24-P3 Pab-Mir-24-P3 Pbv-Mir-24-P3 Rno-Mir-24-P3 Sha-Mir-24-P3 Sto-Mir-24-P3 Tgu-Mir-24-P3 Xla-Mir-24-P3c Xla-Mir-24-P3d Xtr-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
3: 8971072-8971130 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P3) |
Mir-23-P3
3: 8969974-8970035 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 3: 8970188-8970245 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 3: 8971072-8971130 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUCCAACUUCCAGCUGGGUCAGUCUCCUGUGCCUGCUGUGCUGAUAAUCAGUGUGUGACGUUGGCUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGGGACUGGGUUCAAUAUCACACACUCACACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCUUCCAACUUCCAGCU- GG -| G U UAA GUGUG G U CAGUCUCCUGU CCUGCUG GCUGA UCAGU \ C G GUCAGGGGACA GGACGAC UGACU GGUCG A CACACUCACACACUAUAA UU G^ A U C-- GUUGC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-24-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUGCUGUGCUGAUAAUCAGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-24-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -59
Get sequence
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