MirGeneDB ID | Aca-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-142-P4-v2 Aca-Mir-142-P4-v3 Aca-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v2 Ami-Mir-142-P4-v3 Ami-Mir-142-P4-v4 Cpi-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v2 Cpi-Mir-142-P4-v3 Cpi-Mir-142-P4-v4 Dre-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v2 Dre-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v2 Gja-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v4 Gmo-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v2 Gmo-Mir-142-P4-v3 Gmo-Mir-142-P4-v4 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mal-Mir-142-P4-v2 Mal-Mir-142-P4-v3 Mal-Mir-142-P4-v4 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Pbv-Mir-142-P4-v2 Pbv-Mir-142-P4-v3 Pbv-Mir-142-P4-v4 Tni-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v2 Tni-Mir-142-P4-v3 Tni-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v1) |
Mir-142-P4-v4
GL343287.1: 1405169-1405233 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v1 GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v2 GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUGUAUUUUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCCUGUGCCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCAACACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGUAUUUUUAAGGA--| G A UAAACGCCU CAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G CACAACGGAGGCAACGAGU^ G C UGAACCCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-142-P4-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-142-P4-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
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