| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-142-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v2 Cpi-Mir-142-P2-v3 Cpi-Mir-142-P2-v4 Cpi-Mir-142-P4-v2 Cpi-Mir-142-P4-v3 Cpi-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Aca-Mir-142-P4-v2 Aca-Mir-142-P4-v3 Aca-Mir-142-P4-v4 Ami-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v2 Ami-Mir-142-P4-v3 Ami-Mir-142-P4-v4 Dre-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v2 Dre-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v2 Gja-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v4 Gmo-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v2 Gmo-Mir-142-P4-v3 Gmo-Mir-142-P4-v4 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mal-Mir-142-P4-v2 Mal-Mir-142-P4-v3 Mal-Mir-142-P4-v4 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Pbv-Mir-142-P4-v2 Pbv-Mir-142-P4-v3 Pbv-Mir-142-P4-v4 Tni-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v2 Tni-Mir-142-P4-v3 Tni-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH585047: 322623-322682 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v1) |
Mir-142-P4-v4
JH585047: 322621-322684 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v1 JH585047: 322623-322682 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v2 JH585047: 322623-322682 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 JH585047: 322623-322682 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUGGCACCGAUACGGACAGUGCACUCCUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACCGCCGCGUCCCGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGGACGAGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGGCACCGAUACGGA--| C A UAAACCGC CAGUGCACUC UCCAUAAAGUAG AAGCACUAC C GUCAUGUGAG AGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G AGAGAGCAGGGCAACGAGU^ U C UGCCCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-142-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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