MirGeneDB ID | Tni-Mir-142-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-142b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v2 Tni-Mir-142-P2-v3 Tni-Mir-142-P2-v4 Tni-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v3 Tni-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Aca-Mir-142-P4-v2 Aca-Mir-142-P4-v3 Aca-Mir-142-P4-v4 Ami-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v2 Ami-Mir-142-P4-v3 Ami-Mir-142-P4-v4 Cpi-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v2 Cpi-Mir-142-P4-v3 Cpi-Mir-142-P4-v4 Dre-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v2 Dre-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v2 Gja-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v4 Gmo-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v2 Gmo-Mir-142-P4-v3 Gmo-Mir-142-P4-v4 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mal-Mir-142-P4-v2 Mal-Mir-142-P4-v3 Mal-Mir-142-P4-v4 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Pbv-Mir-142-P4-v2 Pbv-Mir-142-P4-v3 Pbv-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v2) |
Mir-142-P4-v4
16: 3999098-3999161 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v1 16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v2 16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAACCUUCUGAUGUACAGUGCUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGUCUUUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGCACUGUUGGCCGCGGAGAAACUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGAACCUUCUGAUGUA--| UG C A UAAACGUC CAGUGC UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCACG AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U ACUCAAAGAGGCGCCGGUU^ UG A C UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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