MirGeneDB ID | Dre-Mir-142-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-142b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v2 Dre-Mir-142-P2-v3 Dre-Mir-142-P2-v4 Dre-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Aca-Mir-142-P4-v2 Aca-Mir-142-P4-v3 Aca-Mir-142-P4-v4 Ami-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v2 Ami-Mir-142-P4-v3 Ami-Mir-142-P4-v4 Cpi-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v2 Cpi-Mir-142-P4-v3 Cpi-Mir-142-P4-v4 Gja-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v2 Gja-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v4 Gmo-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v2 Gmo-Mir-142-P4-v3 Gmo-Mir-142-P4-v4 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mal-Mir-142-P4-v2 Mal-Mir-142-P4-v3 Mal-Mir-142-P4-v4 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Pbv-Mir-142-P4-v2 Pbv-Mir-142-P4-v3 Pbv-Mir-142-P4-v4 Tni-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v2 Tni-Mir-142-P4-v3 Tni-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr15: 15383910-15383969 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v2) |
Mir-142-P4-v1
chr15: 15383910-15383969 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v2 chr15: 15383910-15383969 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 chr15: 15383910-15383969 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGGAAGGUCAGAGGUACAGUGCAGUCACUCAUAAAGUAGACAGCACUACUAAACUUCUCUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCGGCGAUGGACAGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGGAAGGUCAGAGGUA--| G CU AC UAAACUUC CAGUGCA UCA CAUAAAGUAG AGCACUAC U GUCAUGU AGU GUAUUUCAUC UUGUGAUG C CUGACAGGUAGCGGCGGUU^ G AG CU UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-142-P4-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0001839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUAAAGUAGACAGCACUACUA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-142b-5p |
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Mature sequence | Dre-Mir-142-P4-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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