| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-142-P4-v2 Pbv-Mir-142-P4-v3 Pbv-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Aca-Mir-142-P4-v2 Aca-Mir-142-P4-v3 Aca-Mir-142-P4-v4 Ami-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v2 Ami-Mir-142-P4-v3 Ami-Mir-142-P4-v4 Cpi-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v2 Cpi-Mir-142-P4-v3 Cpi-Mir-142-P4-v4 Dre-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v2 Dre-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v2 Gja-Mir-142-P4-v3 Gja-Mir-142-P4-v4 Gmo-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v2 Gmo-Mir-142-P4-v3 Gmo-Mir-142-P4-v4 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mal-Mir-142-P4-v2 Mal-Mir-142-P4-v3 Mal-Mir-142-P4-v4 Mun-Mir-142-P4 Tni-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v2 Tni-Mir-142-P4-v3 Tni-Mir-142-P4-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953330.1: 386981-387041 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v1) |
Mir-142-P4-v4
KE953330.1: 386979-387043 [-]
Mir-142-P4-v1 KE953330.1: 386981-387041 [-] Mir-142-P4-v2 KE953330.1: 386981-387041 [-] Mir-142-P4-v3 KE953330.1: 386981-387041 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGCUACAUUUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCUUGUGUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCAACAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCUACAUUUUAAGGA--| G A UAAACGCUU CAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G AACAACGGAGGCAACGAGU^ G C UGAACCUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pbv-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
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| Star sequence | Pbv-Mir-142-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
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