MirGeneDB ID | Llo-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1989 Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Lgi-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Pve-Mir-1989 Rph-Mir-1989 Sma-Mir-1989 Sme-Mir-1989 Snu-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342999.1: 4092671-4092723 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCCCCGAGAAACUUUCACUCCUCAGCAGUUCAGCUGUGACGAUGCCUUCUUAGGUCAUAAGCAGCCAUUGUUGUAGUUGGUCUUCAGAGGGGUAGUUGAAGGAUUUGAACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCCCCGAGAAACUUUC--| AGC UU UG C U AGG ACUCCUC AG CAGCUG ACGAUG CU CUU \ UGGGGAG UC GUUGAU UGUUAC GA GAA U GACAAGUUUAGGAAGUUGA^ ACU UG GU C C UAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Llo-Mir-1989_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGCUGUGACGAUGCCUUCUU -22
Get sequence
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Star sequence | Llo-Mir-1989_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
31- GCAGCCAUUGUUGUAGUUGGUC -53
Get sequence
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