| MirGeneDB ID | Pve-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1989 Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Lgi-Mir-1989 Llo-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Rph-Mir-1989 Sma-Mir-1989 Sme-Mir-1989 Snu-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PVE_manual_microRNAloci) |
CM062289.1:256164386-256164643: 101-158 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACAGCUACUCCAGAGCAUGAUUUUAGAUGCCAGCUGUCAUGAUGCCUUCUUGUGUUUUUUAUAAAGAGGGCUUCAAGGAAGCUGACAUUUCAGAUUACACAGUCAACAAUUCUUGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UACAGCUACUCCAGAGCA--| U C GU A U GUGUU UGAUUU AGAUG CAGCU C UGA GCCUUCUU U AUUAGA UUUAC GUCGA G ACU CGGGAGAA U AAGUUCUUAACAACUGACAC^ C A AG A U AUAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pve-Mir-1989_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGCUGUCAUGAUGCCUUCUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pve-Mir-1989_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GAGGGCUUCAAGGAAGCUGACA -58
Get sequence
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