| MirGeneDB ID | Sma-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1989 Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Lgi-Mir-1989 Llo-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Pve-Mir-1989 Rph-Mir-1989 Sme-Mir-1989 Snu-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
HE601626.3: 19053664-19053745 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAUUCUAGCUAAAGAGUUAAACUCAACUUCAGCUGUGUUCAUGUCUUCGAUAAAAGAUUACAUUUAUGUAUUCAAUUUUCUCAAUGUCGAAGAAAUGAGCACAACUUAGGCUGUUUACUCUGAAACAACUUGAAAAGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UGAAUUCUAGCUAAAGAGU----| UCAA C C G AAAAGAUUACAUUUAU UAAAC CUU AG UGUGUUCAU UCUUCGAU G AUUUG GGA UC ACACGAGUA AGAAGCUG U UUGGAAAAGUUCAACAAAGUCUC^ UC-- U A A UAACUCUUUUAACUUA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sma-Mir-1989_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGCUGUGUUCAUGUCUUCGAU -23
Get sequence
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| Star sequence | Sma-Mir-1989_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
59- CGAAGAAAUGAGCACAACUUAGG -82
Get sequence
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