MirGeneDB ID | Llo-Mir-278-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Llo-Mir-278-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Ava-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pau-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342993.1: 21374766-21374826 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGAAAAUCAAAAUCAACCAUUGGUCGCAGCCGGUCGAAAGCCUCCGCCAAUCGUCAAGUUAUAAUUGAUCGGUGGGACUUUCGUUCGCUUGUGAUUAGUGGUAAAACACCAGGUCAUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGAAAAUCAAAAUCAA--| C GU C U A GUCAAG CCAUUGGUCGCAG CG CGAAAG C CCGCC AUC U GGUGAUUAGUGUU GC GCUUUC G GGUGG UAG U AGGUACUGGACCACAAAAU^ C UU A - C UUAAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Llo-Mir-278-P6_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGGUCGAAAGCCUCCGCCAAUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Llo-Mir-278-P6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCGGUGGGACUUUCGUUCGCUU -61
Get sequence
|