MirGeneDB ID | Pmi-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pmi-mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Ava-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Efe-Mir-278-P1-v1 Efe-Mir-278-P1-v2 Efe-Mir-278-P2 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Llo-Mir-278-P6 Llo-Mir-278-P7 Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 Lpo-Mir-278-P5 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pau-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pmin1) |
JH783889.1: 1199-1259 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUUCUACUGAACAGACUGUUCCGUCUUUUAGAAUGAAAGUUUCGCCAAUCGGCUUCCCUACGACAGAUCGGUGGGACUUUCGUUCGAUUAGAUGCAGCACAUGAAACAUCGUGGGACGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCUUCUACUGAACAGAC--| C UUUA UU A GGCUUCC UGUU CGUCU GAAUGAAAGU CGCC AUC \ ACGA GUAGA CUUGCUUUCA GUGG UAG C CGCAGGGUGCUACAAAGUAC^ C UUAG GG C ACAGCAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pmi-Mir-278_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGAAUGAAAGUUUCGCCAAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pmi-Mir-278_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0032172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCGGUGGGACUUUCGUUCGAUU -61
Get sequence
|