MirGeneDB ID | Pau-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Ava-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Efe-Mir-278-P1-v1 Efe-Mir-278-P1-v2 Efe-Mir-278-P2 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Llo-Mir-278-P6 Llo-Mir-278-P7 Lpo-Mir-278-P3 Lpo-Mir-278-P4 Lpo-Mir-278-P5 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000101.1: 991692-991753 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACAUGAGUUUGUGUUGCUUCCCAUUACGCUCGGAUGAAAGCCUCAGCCAGGUCGUUCUGCCUGACUAGAUCGGUGGGACUUUCGUUCGCUUGCAAUGGGACAGCUGACAACACAAUAUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACAUGAGUUUGUGUUGCU-- A CU -| CA A GUUCUG UCCCAUU CG CGGAUGAAAG CCU GCC GGUC C AGGGUAA GU GCUUGCUUUC GGG UGG CUAG C UCUUAUAACACAACAGUCGAC C UC A^ -- - AUCAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pau-Mir-278_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGAUGAAAGCCUCAGCCAGGUC -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pau-Mir-278_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCGGUGGGACUUUCGUUCGCUU -62
Get sequence
|