MirGeneDB ID | Llo-Mir-278-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-278 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Llo-Mir-278-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-278 Aga-Mir-278 Agr-Mir-278 Ava-Mir-278 Bfl-Mir-278 Bge-Mir-278 Bla-Mir-278 Csc-Mir-278 Cte-Mir-278 Dan-Mir-278 Dgr-Mir-278 Dlo-Mir-278 Dma-Mir-278 Dme-Mir-278 Dmo-Mir-278 Dpu-Mir-278 Dsi-Mir-278 Dya-Mir-278 Eba-Mir-278 Esc-Mir-278 Gpa-Mir-278 Gsa-Mir-278 Hme-Mir-278 Hru-Mir-278 Isc-Mir-278 Lan-Mir-278 Lgi-Mir-278 Lhy-Mir-278 Mgi-Mir-278 Mom-Mir-278 Npo-Mir-278 Obi-Mir-278 Ofu-Mir-278 Ovu-Mir-278 Pau-Mir-278 Pca-Mir-278 Pcr-Mir-278 Pdu-Mir-278 Pfl-Mir-278 Pmi-Mir-278 Pve-Mir-278 Rph-Mir-278 Sko-Mir-278 Sme-Mir-278 Snu-Mir-278 Spu-Mir-278 Tur-Mir-278 War-Mir-278 Xbo-Mir-278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU342993.1: 21374352-21374408 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAAAAAAUAUAUGAGCUACUUGUUUCGUCCGGAUGAAAGACUCGGCCAGUCUUGAUAUAACGAUCGGUGGGAUUUUCGUUCGCUUGGAAUAAGUAGCAACACUUCCUGUAUAUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUAAAAAAUAUAUGAG--| UC A G A UUGA CUACUUGUUUCG CGGAUGAAAG CUCG CC GUC U GAUGAAUAAGGU GCUUGCUUUU GGGU GG UAG A UAUAUAUGUCCUUCACAAC^ UC A - C CAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Llo-Mir-278-P7_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGGAUGAAAGACUCGGCCAGUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Llo-Mir-278-P7_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UCGGUGGGAUUUUCGUUCGCUU -57
Get sequence
|