MirGeneDB ID | Tur-Mir-12-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-12b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tur-Mir-12-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-12 Aga-Mir-12 Agr-Mir-12 Ava-Mir-12 Bge-Mir-12 Bko-Mir-12 Bpl-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dgr-Mir-12 Dlo-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Eba-Mir-12 Egr-Mir-12 Esc-Mir-12 Gpa-Mir-12 Gsp-Mir-12 Hme-Mir-12 Hru-Mir-12 Isc-Mir-12 Lgi-Mir-12 Lhy-Mir-12 Llo-Mir-12 Mgi-Mir-12 Mom-Mir-12 Npo-Mir-12 Ofu-Mir-12 Ovu-Mir-12 Pau-Mir-12 Pcr-Mir-12 Pdu-Mir-12 Pve-Mir-12 Rph-Mir-12 Snu-Mir-12 Tca-Mir-12 War-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587311.1: 1901159-1901218 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12-P15) |
Mir-12-P15
HE587311.1: 1901159-1901218 [-]
Ensembl
Mir-216-P2 HE587311.1: 1901303-1901367 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACUUAGCAAACCAUGGAUGCACAAGAGGUGAGUAUUUCUCCAGGUACUGAUGAGUUGAGUUGAUUAGUACCUGGAAAAUUAACUCACCUCUUGUUGUAUCAUUAUUCAACUUGUUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCACUUAGCAAACCAUG- - --| C UGAGUU GAUGC ACAAGAGGUGAGU AUUU UCCAGGUACUGA \ CUAUG UGUUCUCCACUCA UAAA AGGUCCAUGAUU G CUAUUGUUCAACUUAUUA U AU^ - AGUUGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tur-Mir-12-P15_5p |
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mirBase accession | MIMAT0023044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUUCUCCAGGUACUGA -22
Get sequence
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Star sequence | Tur-Mir-12-P15_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0023045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGUACCUGGAAAAUUAACUCACC -60
Get sequence
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