MirGeneDB ID | Isc-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-12 Bge-Mir-12 Bpl-Mir-12 Cgi-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Esc-Mir-12 Hme-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Npo-Mir-12 Ovu-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Tca-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS942119: 45760-45819 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-12
DS942119: 45760-45819 [-]
Ensembl
Mir-216-P2 DS942119: 46335-46394 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCCACGGCGAUCGCGUUGGGGCUGGGACUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUCUGGUUGCUGGGUACCAGUAUCUGUGUGAUAUUCACCCCUCGCCCCGGCUAAACUGCGAGCUUCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGCCACGGCGAUCGCG--| U AC U CUGGUU UUGGGGC GGG UGAGUAUUACA CAGGUACUGGU \ GGCCCCG UCC ACUUAUAGUGU GUCUAUGACCA G GAACUUCGAGCGUCAAAUC^ C CC - UGGGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Isc-Mir-12_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUACUGGU -23
Get sequence
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Star sequence | Isc-Mir-12_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAGUAUCUGUGUGAUAUUCACC -60
Get sequence
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