| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-12 Aga-Mir-12 Agr-Mir-12 Ava-Mir-12 Bge-Mir-12 Bko-Mir-12 Bpl-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dgr-Mir-12 Dlo-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Eba-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Egr-Mir-12 Esc-Mir-12 Gpa-Mir-12 Gsp-Mir-12 Hme-Mir-12 Hru-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lhy-Mir-12 Llo-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Mgi-Mir-12 Mom-Mir-12 Npo-Mir-12 Ofu-Mir-12 Ovu-Mir-12 Pau-Mir-12 Pca-Mir-12-P12 Pca-Mir-12-P13 Pcr-Mir-12 Pdu-Mir-12 Pve-Mir-12 Rph-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Snu-Mir-12 Tca-Mir-12 Tur-Mir-12-P14 Tur-Mir-12-P15 War-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_22: 809271-809328 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-216-P1
LOTGIsca_22: 805723-805780 [+]
Ensembl
Mir-216-P2d LOTGIsca_22: 807335-807401 [+] Ensembl Mir-12 LOTGIsca_22: 809271-809328 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAAAAUGCAUGACCAUGACAUCAUUGCCGUGAGUAUUACAUCAGGUACUGAGGAAUGUCUCGGUCAGUACCUUCUGUCAUAUUCUAAGUGAUGACGUCUUUCCCAGCACCUUGGCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAAAAUGCAUGACCAU--| A UG CGU U UC GGAAU GAC UCAU C GAGUAU ACA AGGUACUGA G CUG AGUA G CUUAUA UGU UCCAUGACU U UGCGGUUCCACGACCCUUU^ C GU AAU C CU GGCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-12_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUACUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-12_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUACCUUCUGUCAUAUUCUAA -58
Get sequence
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