MirGeneDB ID | Ami-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cja-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Eca-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Laf-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmr-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Neu-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pab-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017710564.1: 64139-64201 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-191
NW_017710564.1: 63665-63728 [+]
UCSC
Mir-425 NW_017710564.1: 64139-64201 [+] UCSC Mir-2970 NW_017710564.1: 64511-64568 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACAGCCCUCUGGAGAGAGAUUGCUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGCUGAGCGAGACGCCCGACAGCCAUCGGGAAUAUCGUGUCGGUCCAAAGCUCUUUCGGCGCCACCCGGAGCAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACAGCCCUCUGGAGA--| UU A CAC C A GAGACG GAGA GCUUUGGA UGACACGAU UCCCG UG GC \ CUUU CGAAACCU GCUGUGCUA AGGGC AC CG C GAGACGAGGCCCACCGCGG^ CU G UA- U - ACAGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-425_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGCUGAGC -25
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-425_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAUCGGGAAUAUCGUGUCGGUCC -63
Get sequence
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