MirGeneDB ID | Ocu-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-425 Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cja-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Eca-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Laf-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmr-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Neu-Mir-425 Oan-Mir-425 Pab-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr9: 16649322-16649384 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-425
chr9: 16649322-16649384 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-191 chr9: 16649750-16649813 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUGAGCUCUCGGCAUGGAAAGCGCUUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGUGGGCACCCAGGAAGCCAUCGGGAAUGUCGUGUCCGCCCAGUGCUCUUUCGGCGCCUCUCAGCAGGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGAGCUCUCGGCAUG--| C U AAU U C U A GGGCAC GAAAG GC UUGG GACACGA CA UCCCG UG GU \ CUUUC CG GACC CUGUGCU GU AGGGC AC CG C CCGGGACGACUCUCCGCGG^ U U CGC - A U - AAGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-425_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGU -25
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-425_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0048446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAUCGGGAAUGUCGUGUCCGCCC -63
Get sequence
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