MirGeneDB ID | Xtr-Mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-425 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-425 Ami-Mir-425 Bta-Mir-425 Cfa-Mir-425 Cja-Mir-425 Cli-Mir-425 Cmi-Mir-425 Cpi-Mir-425 Cpo-Mir-425 Dno-Mir-425 Dre-Mir-425 Eca-Mir-425 Ete-Mir-425 Gga-Mir-425 Gja-Mir-425 Gmo-Mir-425 Hsa-Mir-425 Laf-Mir-425 Loc-Mir-425 Mal-Mir-425 Mdo-Mir-425 Mml-Mir-425 Mmr-Mir-425 Mmu-Mir-425 Mun-Mir-425 Neu-Mir-425 Oan-Mir-425 Ocu-Mir-425 Pab-Mir-425 Pbv-Mir-425 Rno-Mir-425 Sha-Mir-425 Spt-Mir-425 Sto-Mir-425 Tgu-Mir-425 Tni-Mir-425 Xla-Mir-425-P1 Xla-Mir-425-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 126189462-126189524 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-425) |
Mir-425
chr4: 126189462-126189524 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-191 chr4: 126192673-126192732 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCGACGCCAUGGAGAGACUUAGCCUUGGAAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGCCGAAACUCACAGCGCCAUCGGGAAUAUCGUGUCGCUCCAAAGCUCUCUCUUCGACACCAGUCGAGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCGACGCCAUGGAGA--| CUU C A CAC U A CGAAAC GA AGC UUGGA UGACACGAU UCCCG UG GC \ CU UCG AACCU GCUGUGCUA AGGGC AC CG U AUAGAGCUGACCACAGCUU^ CUC A C UA- U - CGACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xtr-Mir-425_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGACACGAUCACUCCCGUUGAGC -25
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-425-5p |
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Star sequence | Xtr-Mir-425_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAUCGGGAAUAUCGUGUCGCUCC -63
Get sequence
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