MirGeneDB ID | Cli-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-15a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2b Cli-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1a Bta-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1a Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1a Cmi-Mir-15-P1a Cpi-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1a Dre-Mir-15-P1a1 Dre-Mir-15-P1a2 Eca-Mir-15-P1a Ete-Mir-15-P1a Gga-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1a Gmo-Mir-15-P1a2 Hsa-Mir-15-P1a Laf-Mir-15-P1a Lch-Mir-15-P1a Loc-Mir-15-P1a Mal-Mir-15-P1a2 Mdo-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1a Mun-Mir-15-P1a Neu-Mir-15-P1a Oan-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1a Rno-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1a Spt-Mir-15-P1a Sto-Mir-15-P1a Tgu-Mir-15-P1a Tni-Mir-15-P1a2 Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xtr-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold17: 15185606-15185664 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1a) |
Mir-15-P2a
scaffold17: 15185461-15185523 [-]
Mir-15-P1a scaffold17: 15185606-15185664 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGAAGUAUGGUAGACACCUUGGCAUAACGUAGCAGCACAUAAUGGUUUGUGGGUUUUGAAAAGGUGCAGGCCAUAUUGUGCUGCCUCAAAAAUACAAGGAUUUCAUCGUCCUGAAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAGUAUGGUAGACA--| GCAUAACGUA UA GGGUUUU CCUUG GCAGCACA AUGGUUUGU \ GGAAC CGUCGUGU UACCGGACG G GAGAAGUCCUGCUACUUUA^ AUAAAAACUC UA UGGAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-15-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-15-P1a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGGCCAUAUUGUGCUGCCUCA -59
Get sequence
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