| MirGeneDB ID | Cli-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-16a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-15-P1a Cli-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2b Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2b Cmi-Mir-15-P2b Cpi-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2b Gga-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2b Gmo-Mir-15-P2b Hsa-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2b Lch-Mir-15-P2b Loc-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2b Mun-Mir-15-P2b Neu-Mir-15-P2b Oan-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2b Pbv-Mir-15-P2b Rno-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2b Spt-Mir-15-P2b Sto-Mir-15-P2b Tgu-Mir-15-P2b Tni-Mir-15-P2b Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold258: 1615804-1615868 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2b) |
Mir-15-P1b
scaffold258: 1615632-1615691 [+]
Mir-15-P2b scaffold258: 1615804-1615868 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUAGAAGAGUUGUCAUACUUGUUCCGCCCUAGCAGCACGUAAAUAUUGGUGUAGUAAAAUAAACCUUAAACCCCAAUAUUAUUGUGCUGCUUAAGCGUGGCAGAGAUUCAGCAACUCCUUUAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUAGAAGAGUUGUCAUAC--| UC CCU UA U AGUAAAAU UUGU CGC AGCAGCACG AAUAUUGG GU \ GACG GCG UCGUCGUGU UUAUAACC CA A GUAUUUCCUCAACGACUUAGA^ GU AAU UA C AAUUCCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cli-Mir-15-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cli-Mir-15-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCCAAUAUUAUUGUGCUGCUUAA -65
Get sequence
|
