MirGeneDB ID | Bta-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-15a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P2a Bta-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1a Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1a Cli-Mir-15-P1a Cmi-Mir-15-P1a Cpi-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1a Dre-Mir-15-P1a1 Dre-Mir-15-P1a2 Eca-Mir-15-P1a Ete-Mir-15-P1a Gga-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1a Gmo-Mir-15-P1a2 Hsa-Mir-15-P1a Laf-Mir-15-P1a Lch-Mir-15-P1a Loc-Mir-15-P1a Mal-Mir-15-P1a2 Mdo-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1a Mun-Mir-15-P1a Neu-Mir-15-P1a Oan-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1a Rno-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1a Spt-Mir-15-P1a Sto-Mir-15-P1a Tgu-Mir-15-P1a Tni-Mir-15-P1a2 Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xtr-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037339.1: 19501072-19501130 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1a) |
Mir-15-P2a
NC_037339.1: 19500926-19500990 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1a NC_037339.1: 19501072-19501130 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUAAAAAAAACAAAACCUUGGAGUAAAGUAGCAGCACAUAAUGGUUUGUGGAUUUUGAAAAGGUGCAGGCCAUAUUGUGCUGCCUCAAAAAUACAAGGAUCUGAUCUUCUGAAGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUUAAAAAAAACAAAA--| GAGUAAAGUA UA GGAUUUU CCUUG GCAGCACA AUGGUUUGU \ GGAAC CGUCGUGU UACCGGACG G AAAGAAGUCUUCUAGUCUA^ AUAAAAACUC UA UGGAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-15-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-15a |
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Star sequence | Bta-Mir-15-P1a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGGCCAUAUUGUGCUGCCUCA -59
Get sequence
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